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管理學(xué)院前身為我國最早成立的系統(tǒng)工程系和系統(tǒng)工程研究所（1979年）。1979年11月，著名科學(xué)家錢學(xué)森專程到?？疾煜到y(tǒng)工程本科專業(yè)學(xué)生培養(yǎng)工作，并在上海機(jī)械學(xué)院系統(tǒng)工程研究所成立大會(huì)上發(fā)表講話。同年學(xué)院辦學(xué)即開展了國際化辦學(xué)。12月，學(xué)校與美國麻省理工學(xué)院斯隆管理學(xué)院正式簽訂校際合作協(xié)議，這是改革開放后上海市最早的中外合作辦學(xué)項(xiàng)目。

1981年，學(xué)院與麻省理工學(xué)院等美國、加拿大高校合作，開始舉辦全英文授課MBA項(xiàng)目；1983年美國《華爾街日?qǐng)?bào)》發(fā)表專題報(bào)道，認(rèn)為“此舉開創(chuàng)了中國MBA教育的先河”。

1992年5月系統(tǒng)工程系和系統(tǒng)工程研究所合并成立系統(tǒng)科學(xué)與系統(tǒng)工程學(xué)院，1999年5月更名為管理學(xué)院，2004年原上海醫(yī)療專科學(xué)校管理系劃歸管理學(xué)院，2005年1月22日，由中國科學(xué)院系統(tǒng)科學(xué)研究所和上海理工大學(xué)合作組建，并由錢學(xué)森同志親自題詞命名的“上海系統(tǒng)科學(xué)研究院”在學(xué)校掛牌。2006年1月與學(xué)校商學(xué)院合并重組成立新的管理學(xué)院。商學(xué)院始建于1988年，淵源可追溯到20世紀(jì)30年代的滬江大學(xué)城中區(qū)商學(xué)院，1997年商學(xué)院與原上海機(jī)械高等專科學(xué)校的管理系合并重組成立新的商學(xué)院，歷代校友在商界建樹頗多，影響遍及五洲。

學(xué)院下設(shè)10個(gè)系和一個(gè)中心：信息管理與信息系統(tǒng)系、工業(yè)工程系、會(huì)計(jì)系、工商管理系、公共管理系、財(cái)政稅務(wù)系、金融系、國際經(jīng)濟(jì)與貿(mào)易系、系統(tǒng)科學(xué)系、交通系統(tǒng)工程系，專業(yè)學(xué)位教育中心。另設(shè)有上海系統(tǒng)科學(xué)研究院、中國機(jī)械工業(yè)會(huì)計(jì)審計(jì)研究中心、教育部國別和區(qū)域研究中心-中國周邊經(jīng)濟(jì)研究中心、上海市工程管理學(xué)會(huì)、上海市人民政府發(fā)展研究中心——上海理工大學(xué)“基于互聯(lián)網(wǎng)+的上海創(chuàng)新發(fā)展”決策咨詢研究基地、上海高校人文社會(huì)科學(xué)重點(diǎn)研究基地——上海理工大學(xué)電子商務(wù)發(fā)展研究院、企業(yè)創(chuàng)新能力研究中心、超網(wǎng)絡(luò)研究中心、復(fù)雜系統(tǒng)科學(xué)研究中心、創(chuàng)業(yè)教育研究中心等研究機(jī)構(gòu)。

學(xué)院已實(shí)現(xiàn)多類型、多層次辦學(xué)模式。學(xué)科涉及四個(gè)學(xué)科門類：管理學(xué)門類下的管理科學(xué)與工程、工商管理、公共管理3個(gè)學(xué)科；經(jīng)濟(jì)學(xué)門類下的應(yīng)用經(jīng)濟(jì)學(xué)1個(gè)學(xué)科；理學(xué)門類下的系統(tǒng)科學(xué)1個(gè)學(xué)科；工學(xué)門類下的交通運(yùn)輸工程學(xué)、系統(tǒng)工程學(xué)2個(gè)學(xué)科。

學(xué)院設(shè)有11個(gè)本科專業(yè)，一級(jí)學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)2個(gè)(管理科學(xué)與工程、系統(tǒng)科學(xué))，一級(jí)學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)4個(gè)（應(yīng)用經(jīng)濟(jì)學(xué)、公共管理、工商管理、交通運(yùn)輸工程），專業(yè)學(xué)位類別碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)10個(gè)（工商管理碩士、公共管理碩士、工程管理碩士、國際商務(wù)碩士、金融碩士、會(huì)計(jì)碩士、交通運(yùn)輸工程、工業(yè)工程、項(xiàng)目管理、物流工程），博士后流動(dòng)站2個(gè)(管理科學(xué)與工程，系統(tǒng)科學(xué))。其中管理科學(xué)與工程是上海市高原學(xué)科、系統(tǒng)科學(xué)是上海市高峰學(xué)科（一流學(xué)科）；應(yīng)用經(jīng)濟(jì)學(xué)（經(jīng)濟(jì)系統(tǒng)運(yùn)行與控制）是上海市教委重點(diǎn)學(xué)科。在全國高校第四輪學(xué)科評(píng)估中“管理科學(xué)與工程”排名第19，“系統(tǒng)科學(xué)”排名第3。2016年，學(xué)院獲批“十三五”上海民政科研基地。

汪應(yīng)洛院士任名譽(yù)院長、院務(wù)委員會(huì)主任。目前學(xué)院有教職工238人，專任教師202人，其中國務(wù)院學(xué)科評(píng)議組成員1人，教育部教指委委員1人，全國優(yōu)秀教師1人，入選教育部“新世紀(jì)優(yōu)秀人才支持計(jì)劃”1人，教育部霍英東基金青年教師1人，王寬誠育才獎(jiǎng)1人，教育部高校骨干教師1人，機(jī)械部跨世紀(jì)人才學(xué)術(shù)帶頭人2人，寶鋼優(yōu)秀教師4人，曙光學(xué)者6人，上海市教育系統(tǒng)首屆“科研新星”1人，浦江學(xué)者3人，上海市教學(xué)名師1人，上海市育才獎(jiǎng)5人，入選上海市青年科技啟明星計(jì)劃2人，晨光學(xué)者1人。全院具有正高級(jí)職稱人員31人，副高級(jí)職稱87人，具有博士學(xué)位178人。

近三年，學(xué)院申請(qǐng)立項(xiàng)國家級(jí)項(xiàng)目20項(xiàng)，其中國家自然科學(xué)基金項(xiàng)目14項(xiàng)，國家社會(huì)科學(xué)規(guī)劃項(xiàng)目6項(xiàng)，各類科研項(xiàng)目到款數(shù)共計(jì)2823萬元；完成發(fā)明專利4項(xiàng)；完成軟件著作權(quán)18項(xiàng)；有50多份咨詢報(bào)告被政府采納；出版專著43部、編著41部、譯著2部。學(xué)院共發(fā)表論文1784篇，其中A類503篇，B類1082篇；檢索高級(jí)別論文SCIE201篇，SSCI40篇。

2018年5月，學(xué)院正式通過AACSB國際認(rèn)證，標(biāo)志著上海理工大學(xué)成為非教育部高校中首個(gè)通過AACSB國際認(rèn)證的大學(xué)。

學(xué)院現(xiàn)有1個(gè)本科中美合作辦學(xué)項(xiàng)目，1個(gè)中瑞雙學(xué)位國際合作辦學(xué)項(xiàng)目。2018年，與美國威斯康辛大學(xué)、法國布雷斯特商學(xué)院、美國新澤西州立羅格斯肯頓商學(xué)院簽訂了合作協(xié)議，每年邀請(qǐng)大量外籍教師來院為合作辦學(xué)項(xiàng)目授課和講學(xué)，選派大量學(xué)生赴境外學(xué)習(xí)交流，接收了來自瑞典、德國、美國等國家的國際交流生百余人來院學(xué)習(xí)。